Durante la campaña en que el CFN sea declarado como SIE no podrá usarse ningún fitosanitario. Es decir, si en la campaña 2018, el agricultor declara en su solicitud única 2018 que un determinado cultivo será SIE, no podrá usar fitosanitarios desde el otoño del año anterior, en que lleve a cabo labores preparatorias para la siembra, hasta que finalice la cosecha. Se prohíbe por tanto el uso de productos fitosanitarios durante todo el período de cultivo del CFN que se declare como SIE. Tras finalizar la cosecha, sí podrían emplearse productos fitosanitarios.

En el caso de cultivos plurianuales, como puede ser la alfalfa, la prohibición se extiende desde el 1de enero o las labores de siembra, hasta el 31 de diciembre o la cosecha, del año o años de declaración como SIE en la solicitud única.

En la solicitud única de la PAC 2018, deberá declarar la relación de parcelas de cultivo fijador de nitrógeno que desea que le computen como SIE, en las cuales, se compromete a no aplicar fitosanitarios durante todo el período de cultivo y adjuntar la declaración responsable en la que conste que es conocedor de la prohibición del empleo de productos fitosanitarios en estas superficies.

En el barbecho SIE se puede elegir que 6 meses consecutivos e improductivos entre el 1 de enero y el 30 de septiembre, en los que no puedo aplicar FITOS.